ஒவ்வொரு துறைசார்ந்த நிர்வாகங்களை மேற்கொள்ள, துறைத்தலைவர்கள் சீனியாரிட்டி அடிப்படையில் நியமிக்கப்படுகின்றனர். பல்கலைக்கழக சாசன விதிப்படி, 3 ஆண்டுக்கு ஒருமுறை சுழற்சி அடிப்படையில் துறைத்தலைவர் பதவி வழங்கப்பட வேண்டும். ஆனால் பெரியார் பல்கலைக்கழகத்தில் கடந்த 10 ஆண்டுகளாக, துறைத்தலைவர் பதவி வழங்குவதில் பாரபட்சம் காண்பிக்கப்படுவதாக குற்றச்சாட்டு எழுந்துள்ளது. குறிப்பாக, பட்டியலின பேராசிரியர்கள் தொடர்ந்து புறக்கணிக்கப்படுவதாக பேராசிரியர்கள் புகார் தெரிவித்துள்ளனர்.
இதுகுறித்து பேராசிரியர்கள் கூறியதாவது: துறைத்தலைவர் பொறுப்பு வழங்குவதில் தொடர்ந்து பாரபட்சம் பார்க்கப்படுகிறது. இதனால், உரிய தகுதியிருந்தும் அப்பொறுப்புக்கு வரமுடியாமல் சில பேராசிரியர்கள் தவிக்கின்றனர். ஒவ்வொரு துறைக்கும் அந்த துறையைச் சேர்ந்த பேராசிரியர்களே, துறைத்தலைவராக நியமிக்கப்பட வேண்டும். ஆனால் ஏற்கனவே இயற்பியல் துறைக்கு வேதியியல் துறையைச் சேர்ந்த ஒருவரும், கல்வியியல் துறைக்கு, உறுப்பு கல்லூரியிலிருந்து வந்த ஒருவருக்கும் துறைத்தலைவர் பொறுப்பு வழங்கப்பட்டது. தற்போது அந்த வரிசையில், வரலாற்று துறைக்கு வேதியியல் துறையைச் சேர்ந்த ஒருவருக்கு துறைத்துலைவர் பொறுப்பு வழங்கப்பட்டுள்ளது.
இந்த 3 துறையிலும் அத்துறையைச் சேர்ந்த பட்டியலின பேராசிரியர்கள் சீனியர்களாக உள்ளனர். ஆனால், நிர்வாகத்தினரின் காழ்ப்புணர்ச்சி காரணமாக, அவர்கள் தொடர்ந்து புறக்கணிக்கப்பட்டுள்ளனர். மாறாக, நிர்வாகத்தின் தன்னிச்சையான போக்கு காரணமாக, தங்களுக்கு வேண்டிய மாற்றுத்துறை பேராசிரியர்களுக்கு, துறைத்தலைவர் பொறுப்பு வழங்கப்பட்டுள்ளது. இவர்கள் அந்தந்த துறைக்கு சம்பந்தமில்லாதவர்களாக உள்ளனர். இதனால், பாடத்திட்டம் சார்ந்து முடிவெடுப்பதில் பல்வேறு சிக்கல்கள் எழுகின்றது. அதேசமயம், பெரியார் பெயரில் இயங்கி வரும் பல்கலைக்கழத்தில், சமூகநீதி மறுக்கப்பட்டு பட்டியலின பேராசிரியர்கள் தொடர்ந்து புறக்கணிக்கப்பட்டு வருவதும் அதிர்ச்சி அளிக்கிறது. இவ்வாறு பேராசிரியர்கள் தெரிவித்தனர்.