இதனிடையே, பணி நிரந்தரம் கோரியும், பல்கலைக்கழகத்தில் நடந்து வரும் ஊழல், முறைகேடுகளை தடுக்க வலியுறுத்தியும் தொழிலாளர் சங்கத்தினர் போராட்டத்தில் ஈடுபட்டனர். இதனையடுத்து தொழிலாளர் சங்கத் தலைவர் கனிவண்ணன், பொதுச்செயலாளர் சக்திவேல், அமைப்புச் செயலாளர் கிருஷ்ணவேணி மற்றும் துணைத்தலைவர் செந்தில்குமார் ஆகிய 4 பேரை கடந்த ஆண்டு ஜனவரி மாதம் நிரந்தரமாக பணிநீக்கம் செய்வதாக பல்கலைக்கழக நிர்வாகம் அறிவித்தது.
ஆனால், சென்னை தொழிற்தீர்ப்பாயத்தில் பணிநிரந்தர வழக்கு நிலுவையில் உள்ள நிலையில், அந்த ஆணையத்தின் முன்அனுமதி பெறாமல் வழக்கில் உள்ளவர்களை பணியிடை நீக்கமோ, பணி நீக்கமோ செய்ய இயலாது. இதனை எதிர்த்து தொழிலாளர் சங்க பொதுச்செயலாளர் சக்திவேல், தொழிலாளர் நலச்சட்டம் 31-ன் கீழ், பல்கலைக்கழகத் தலைமை நிர்வாகிகளான ஜெகநாதன் மற்றும் பாலகுருநாதன் மீது, 6 மாதங்கள் வரை சிறைத் தண்டனை விதிக்கக் கூடிய குற்றவியல் வழக்குத்தொடர வேண்டும் என, தொழிலாளர் நல ஆணையரிடம் முறையிட்டார்.
அந்த முறையீட்டை விசாரித்த சேலம் தொழிலாளர் நல உதவி ஆணையர் (சமரசம்) இந்தியா, இருதரப்பு வாதங்களையும் கேட்டு, அதன் அறிக்கையை சென்னை தொழிலாளர் நல ஆணையருக்கு அனுப்பி வைத்தார். இந்நிலையில், ஆவணங்களை சரிபார்த்த தொழிலாளர் நலத்துறை அதிகாரிகள், பெரியார் பல்கலைக்கழக துணைவேந்தர் ஜெகநாதன் மற்றும் அப்போதைய பொறுப்பு பதிவாளர் பாலகுருநாதன் மீது குற்றவியல் வழக்கு தொடர அனுமதி வழங்கியுள்ளது.
இதுதொடர்பாக அரசு செயலாளர் வீரராகவராவ் வெளியிட்டுள்ள அரசாணையில், ‘‘நேரடி விசாரணையில் சமர்ப்பிக்கப்பட்ட விவரங்கள் யாவும், உரிய ஆவணங்களுடன் முழுமையாக ஆய்வு செய்யப்பட்டது. இதில், 4 தொகுப்பூதிய பணியாளர்களையும் பணிநீக்கம் செய்த பின்னரே, நிர்வாகம் தொழிற்தீர்ப்பாயத்திற்கு பணிநீக்கம் தொடர்பான ஒப்புதல் கோரும் மனுக்களை காலதாமதமாக தாக்கல் செய்துள்ளனர். மேலும், பணிநீக்கம் செய்த பின்னரே, ஒருமாத ஊதியம் காலதாமதமாக வழங்கியுள்ளது தெரியவந்துள்ளது.
எனவே, தொழிற்தகராறு சட்டம் 1947 பிரிவு 33(2)(b) -ல் கூறப்பட்டுள்ள நிபந்தனைகளுக்கு முரணாக செயல்பட்டுள்ளதாக கருதப்பட்டு, பல்கலைக்கழக துணைவேந்தர் ஜெகநாதன், பதிவாளர் பாலகுருநாதன் ஆகியோர் குற்றமிழைத்தவர்களாக கருதப்படுகிறது. அவர்கள் மீது தொழிற்தகராறுகள் சட்டம் 1947 பிரிவு 34(1)ன் கீழ் உரிய நீதிமன்றத்தின் முன்பு குற்றவியல் வழக்கு தொடர, ேசலம் தொழிலாளர் உதவி ஆணையருக்கு (அமலாக்கம்), அனுமதி வழங்கி ஆணையிடப்படுகிறது,’’ என்று தெரிவிக்கப்பட்டுள்ளது. இந்த விவகாரம் பெரியார் பல்கலைக்கழக வட்டாரத்தில் பெரும் பரபரப்பை ஏற்படுத்தியுள்ளது.